Die flussartige Schlei gehört eigentlich in die Reihe der großen Ostseeförden des Landes und ist mit 40 km Länge deren längste, zugleich auch die schmalste und flachste, weshalb sie seit Jahrhunderten als Seefahrtstraße ausschied. So nahm auch Schleswig an ihrem Ende eine wirtschaftlich weniger günstige Entwicklung als andere Fördestädte. Die Schlei teilt die Landschaften Angeln und Schwansen voneinander, aber durchfließt eine liebliche Hügel- und Wiesenlandschaft mit wenigen Waldstücken, die einzigartig in dieser Form ist.

Bei einer durchschnittlichen Breite von 1000 m verengt sie sich bis auf 135 m bei Missunde und erweitet sich vor Schleswig auf 4000 m. Ihre tiefste Stelle ist 15 m. Die Ufer bilden zahlreiche Halbinseln und Noore. Da die Schlei nur von wenigen Auen Zustrom erhält, hat sie fast keine Strömung. Die halbe Wegstrecke speist sichm vom Salzwasser der Ostsee, dann wird die Schlei zunehmend vom Brackwasser bestimmt.

Vor der Mündung hat die Ostsee eine starke Sandbarre gelegt, die künstlich offengehalten wird. Im Mittelalter bildete die Schlei hier eine wichtige Grenze zwischen Holstein und Sachsen diesseits, Jüten und Angeln jenseits.

Ihre Häfen sind Schleswig am Ende der Schlei und Schleimünde an ihrer Mündung. Dazwischen liegen die Orte Maasholm, Kappeln, Arnis, Ulsnis, Lindaunis und Missunde. Den Verkehr über die Schlei vermitteln für die Bahnlinie Kiel-Flensburg die Klappbrücke von Lindaunis, für die Straße durch Schwansen die Klappbrücke von Kappeln und die Fähren von Missunde und Arnis.
In der Schlei vorkommende Fische sind Brasse, Plötze, Zander, Hecht, Hering (Kappelner Bückling), Aal, Barsch, Lachs und Schleie.